De Finse Lappenhond is een ras met een goede gezondheidsstatus. In Finland bestaat de populatie uit ongeveer 10.000 honden. Elk jaar worden rond 1000-1200 pups geregistreerd. In Nederland zijn ongeveer 550 Finse Lappenhonden geregistreerd en worden per jaar rond de 20-30 pups geregistreerd (2013).

De Finse Lappenhond wordt gemiddeld in goede gezondheid twaalf tot vijftien jaar oud. Ziektes en afwijkingen die voorkomen bij de Finse Lappenhond zijn met name progressieve retina atrofie (pra), juveniele cataract, heupdysplasie (hd), epilepsie, een traag werkende schildklier en de ziekte van Pompe. Ze komen echter in zeer geringe percentages voor, zowel in Finland als in Nederland. In Finland wordt onderzoek gedaan naar de vererving van epilepsie en cataract bij de Finse Lappenhond. De leden van de FLVN dragen hier aan bij door bloed van hun Finse Lappenhond op te sturen naar de Universiteit van Helsinki.

De FLVN heeft een fokreglement dat eisen stelt aan het fokken met de Finse Lappenhond. De ouderdieren worden verplicht onderzocht op heupdysplasie en oogafwijkingen. Daarnaast is er DNA-onderzoek voor pra-prcd (vorm van pra die bij de Finse Lappenhond voorkomt) en voor de ziekte van Pompe. Zowel bij pra als bij de Ziekte van Pompe moet minimaal een van de ouderdieren vrij zijn.

De fokadviescommissie (FAC), onderdeel van de fokkerijcommissie (FC), ziet toe op de handhaving van het fokreglement en controleert de gezondheidsgegevens van de gewenste combinatie van ouderdieren en hun voorouders. Indien er geen bezwaren zijn laat de FAC de fokker weten, dat de voorgestelde combinatie door de vereniging wordt ondersteund. De fokker ontvangt na de geboorte van de pups een FLVN-fokcertificaat als erkenning dat het nest conform het fokreglement is gefokt. Fokkers kunnen ook advies vragen bij de FAC over beschikbare dekreuen en mogelijke combinaties. De fokker is ten alle tijden zelf verantwoordelijk voor de keuze van de ouderdieren. De FLVN ondersteunt haar fokkers daarbij door 2x per jaar bijeenkomsten te organiseren met gastsprekers waarin diverse thema’s rondom het fokken van honden aan bod komen.